Forse fondata dai Focesi, popolo dell'Asia Minore, in epoca preromana, Andora ha il suo cuore storico nella prestigiosa borgata di Castello. Divenne un centro importantissimo in epoca romana grazie alla posizione strategica lungo la via Julia Augusta, di cui è ancora visibile l'antico tracciato. Intorno al 1170 fu antica dimora dei marchesi di Clavesana che la abbellirono con torri e chiese e costruirono mura di protezione intorno alla cittadina. In seguito ad una guerra (1252), venne venduta alla Repubblica di Genova ed iniziò un periodo di pace e tranquillità che durò ben cinque secoli, che vide lo sviluppo della coltivazione dell'olio e sorsero cantieri navali. Dopo i grandi avvenimenti europei di fine ‘700, Andora entrò a far parte dell'Impero Napoleonico sotto l'amministrazione di Montenotte e ne seguì le vicende fino all'annessione al Regno di Sardegna.